Comme d’autres acides aminés, il fait partie des protéines importantes pour les cellules. En raison des propriétés chimiques de son groupe imidazole, l’histidine fait partie du centre actif de nombreuses enzymes à activité catalytique acide-base. De plus, grâce à son groupe imidazole, il est facilement coordonné avec les métaux (Ni, Zn, Cu), ce qui augmente la capacité des plantes à résister aux situations de stress produites par ces métaux. Grâce à l’histidine, certaines plantes sont capables d’accumuler de grandes quantités de nickel dans les racines, on pense que cette hyper-accumulation de nickel a une activité défensive contre certaines plantes.