Como outros aminoácidos, faz parte das proteínas importantes para as células. Devido às propriedades químicas do seu grupo imidazole, a histidina faz parte do centro ativo de numerosas enzimas com atividade catalítica ácido-base. Além disso, graças também ao seu grupo imidazol, se coordena facilmente com metais (Ni, Zn, Cu), o que aumenta a capacidade das plantas para resistir às situações de stress produzidas por esses metais. Graças à histidina algumas plantas são capazes de acumular grandes quantidades de níquel nas raízes, e acredita-se que esta hiper acumulação de níquel tenha atividade defensiva contra algumas plantas.