A pesar de que las plantas son inmóviles, poseen una serie de características que les permite interaccionar con el medio, tales como la autotrofía (son capaces de fabricar su propio alimento por medio de la fotosíntesis), presencia de pared celular y lignina que les confiere rigidez para poder expandirse en la tercera dimensión y de esta forma alcanzar fuentes de nutrientes (luz, CO2, agua y sales minerales). Como en toda interacción, es necesaria la transmisión de información de unas partes a otras del organismo, e incluso entre individuos distintos. La transmisión de la información en las plantas se realiza mediante sustancias químicas llamadas hormonas vegetales.

Como se ha mencionado, existen microorganismos capaces de sintetizar auxinas. En muchos casos son microorganismos fuertemente ligados al reino vegetal, como por ejemplo las bacterias de la rizosfera (Pseudomonas, Azospirillum…) y son el producto de la coevolución de las plantas con los microorganismos.

Para ejercer su acción, las auxinas son reconocidas en la planta por una serie de receptores. Para poder ser reconocidas, deben cumplir una serie de requisitos en su estructura. Se estudió la molécula de AIA como modelo y se estipuló que la distribución y distancia entre la carga positiva y negativa es importante en la determinación de la función auxínica, no siendo condición imprescindible la presencia del anillo indol como se pensaba en un primer momento. De esta forma existen moléculas con función auxínica carentes del anillo indol.

Las auxinas intervienen en el crecimiento celular, controlando la división celular e influyendo así en la formación de raíces secundarias. Por este motivo son muy utilizadas en agricultura para el enraizamiento de esquejes. Intervienen también en la dominancia apical, el crecimiento del tallo, la diferenciación vascular (principalmente en el cambium), la ordenación de las hojas en el tallo (proceso denominado filotaxis) o en procesos de abscisión de hojas y frutos.