En plus d’être nécessaire à la synthèse de nombreuses protéines importantes pour la plante, le tryptophane est le précurseur d’un grand nombre de métabolites secondaires, notamment: les phytohormones impliquées dans la croissance des racines, telles que les auxines; et des alcaloïdes utilisés par le système défensif des plantes contre les insectes et les bactéries (tryptamine, amines dérivées de l’acide anthranilique, strictosidine, camptothécine, etc.).