Como otros aminoácidos forma parte de proteínas importantes para las células. Aunque la alanina no se considera un aminoácido especialmente importante en la captación de nitrógeno o en la señalización celular, sí que tiene una especial importancia para el metabolismo de las plantas y para la superación de situaciones de estrés. La alanina es la principal fuente transportadora de nitrógeno orgánico desde las bacterias fijadoras de nitrógeno hacia la planta. Se han descrito muchos estudios en los que se demuestra la importancia de este aminoácido en situaciones de estrés como la hipoxia, estrés salino, sequía, estrés biótico, etc. Prueba de ello es que, cuando las plantas son sometidas a condiciones de estrés, responden acumulando grandes cantidades de alanina. Al igual que la valina, leucina o isoleucina, la alanina es precursora de alcoholes, y otros compuestos, que mejoran las cualidades organolépticas de los frutos.

La alanina sirve como precursora de algunos metabolitos secundarios como los glucosinolatos.