مثل الأحماض الأمينية الأخرى فهي جزء من البروتينات المهمة للخلايا. يستخدم الأرجنين كجزيء تخزين ونقل للنيتروجين في العديد من النباتات. الأرجنين يحث على تخليق هرمونات الثمار والأزهار. وهي من سلائف تركيب عديد الأمين (البوتريسكين، السبيرمدين والسبيرمين)، البرولين، أشباه القلويات، الأورنيثين، السيترولين وأكسيد النتريك. من المهم أيضًا التغلب على ظروف الإجهاد. أظهرت الدراسات التي أجريت على تطبيق الأرجنين في البيئة المحيطة بالجذور زيادة في عدد الجذور. الأرجينين يعزز التأثير الإيجابي للأكسين، حمض الإندول بيوتريك ، على الجذور بزيادة عدد الجذور وطولها