Como otros aminoácidos forma parte de proteínas importantes para las células. La arginina es usada como molécula de almacenamiento y transporte de nitrógeno en por muchas plantas. La arginina induce la síntesis de hormonas de frutos y flores. Es precursores de la síntesis de poliaminas (putrescina, espermidina y espermina), prolina, alcaloides, ornitina, citrulina y óxido nítrico. Es también importante para la superación de condiciones de estrés. Estudios realizados sobre la aplicación de arginina en la rizosfera mostraron un incremento en el número de raíces. La arginina promueve el efecto positivo de la auxina, IBA, sobre las raíces, aumentando tanto el número de raíces como su longitud.