Además de ser necesario para la síntesis de muchas proteínas importantes para la planta, el triptófano es precursor de un gran número de metabolitos secundarios, especialmente: fitohormonas involucradas en el crecimiento radicular, como las auxinas; y alcaloides utilizados por el sistema defensivo de las plantas frente a insectos y bacterias (triptamina, aminas derivadas del ácido antranílico, estrictosidina, camptotecina, etc.).