Além de ser necessário para a síntese de muitas proteínas importantes para as plantas, o triptofano é o precursor de um grande número de metabolitos secundários, em especial: fitohormonas envolvidas no crescimento da raiz, tais como auxinas; e alcalóides utilizados pelo sistema de defesa das plantas contra insetos e bactérias (triptamina, aminas derivadas de ácido antranílico, estrictosidina, camptotecina, etc).